Die in den Jahren 1685 - 1705 errichtete barocke Universitätskirche neben der Alten Universität wurde im zweiten Weltkrieg fast völlig zerstört. Dabei ging auch die kostbare Ausstattung verloren. Das wieder errichtete Gebäude wurde mit schlichten Altartischen ausgestattet. Bestechend aber ein auffallendes Kunstwerk im Chorraum in dem sonst so asketischen Bau.

Darüber hinaus gibt es noch einige Klosteranlagen und eine umfangreiche Anzahl an Kirchenbauten, von denen hier nur die vorgestellt werden, die eine entsprechende Beachtung verdienen.

Die Adelhauser Kirche ist eine ehemalige Klosterkirche der Dominikanerinnen am Adelhauser Platz. Der Orden verlegte Kirche und Kloster nach mehreren Angriffen und Zerstörungen in das Stadtgebiet, wo 1687 mit dem Neubau begonnen wurde. Ihre Bedeutung bezieht die Kirche vor allem aus der Sandsteinfigur der Hl. Katharina und dem berühmten Adelhauser Kruzifix. Bemerkenswert sind auch ein Vesperbild aus dem 14. Jahrhundert sowie eine Mondsichelmadonna um 1500, die Hans Wydyz zugeschrieben wird.

Das ehemalige Kloster der Augustiner-Eremiten, dessen älteste Teile in das 14. Jahrhundert zurückgehen, beherbergt seit der Instandsetzung 1923 das städtische Augustinermuseum.

Noch zu erwähnen die evangelische Ludwigskirche. Die heutige Kirche wurde an anderer Stelle, als der zerstörte Vorgängerbau und nach anderer Konzeption, in einer zeitgenössischen Architektur errichtet. Sie ist ein gelungenes Beispiel für den modernen Kirchenbau. Der Altar und die ihn umgebenden Gemeinde sind in das Zentrum dieser Kirche gerückt.