Auch das neue Gebäude entstand durch die Zusammenfügung mehrerer bereits vorhandener Häuser, die ursprünglich zur Universtität gehörten. Der Umbau  dieser aus dem 16. Jahrhundert stammenden Gebäude zum Komplex "Neues Rathaus" fand zwischen den Jahren 1896 und 1901 statt. Dabei wurden in den Fassaden größere Fenster, Fachwerkeinbauten, Balkone und Erker integriert. Beeindruckend auch der Ratssaal, der über einer Arkadenhalle angeordnet wurde. Auch im Inneren hat man die Räume im Stil der Spätgotik und der Renaissance ausgebaut, und mit aufwändigen Holzarbeiten gestaltet.

Für den neuen Ratssaal wurde bis 1971 im Südflügel ein Bereich über zwei Etagen entkernt, so dass in dem hohen Raum eine Zuschauertribüne integriert werden konnte. Der Ratssaal besticht heute durch ein geschmackvolles Ambiente mit ansprechendem Interieur und einer harmonischen Farbgebung.

In einem Teilbereich des Gebäudes befindet sich zudem aus Universitätszeiten einer der opulensten Barockräume Freiburgs, der besonders durch seine Stuckaturen und figürlichen Stuckreliefs auffällt. Sie stellen die Fakultätspatrone sowie die Heiligen Antonius, Franz Xaver und Johann Nepomuk dar. Die Deckenmitte wird von einem doppelköpfigen Reichsadler mit dem Habsburger Bindenschild dominiert, das neben dem niederösterreichischen Wappen mehrmals auftaucht und an die Gründung der Universität durch den Habsburger Albrecht VI. erinnern soll.

Das Neue Rathaus mit seinem steilen Dach  wird von einem Glockentürmchen gekrönt und zudem von einer Uhrengaube verziert. Das täglich zur Mittagsstunde klingende Glockenspiel war das Geschenk eines Fabrikanten an die Stadt.